Míšen vdecí za své založení svému nemeckému králi Jindrichovi I., který nechal na zdejší skále zbudovat hrad behem svého vojenského tažení do Cech r. 929. Od 10. stol. se zacíná vyvíjet podhradí a v rícním prístavu v oblasti dnešního “Theaterplatz” se vytvorilo místo odpocinku a obchodu. V 11. století se na míste zvaném “Neumarkt” usadili nemectí a židovští kupci.

Od r. 1150 zacíná okolo centrálního námestí “Markt” plánované budování mesta. Díky výhodné poloze mezi Lipskem a Prahou a také díky poptávce po remeslnických výrobcích zažívá mestská obec hospodárský rozkvet a na blízké Wilsdrufferské pláni je vybudována remeslnická vesnice. Po ustanovení markrabete roku 965 (stejne jako díky zrízení biskupství r. 968) se stala Míšen vojenským a správním centrem stejnojmenné marky (Markgrafschaft Meißen). Povýšením Fridricha IV. Bojovného na kurfirta roku 1423 se stala Míšen kurfirtským centrem Saska. Na tu dobu upomíná gotický dóm a také pozdne gotický zámek Albrechtsburg.

Roku 1543 byla založena saská knížecí škola sv. Afry, díky tomu si uchovala Míšen vedoucí pozici prinejmenším v oblasti humanistického vzdelávání. Po tricetileté válce  propadla Míšen dlouholeté hospodárské stagnaci.

Teprve zrízení první evropské porcelánky v roce 1710 jí prineslo progresivní prechod k lepším casum.

Válecná období v 18. a 19. století prinesla prerušení, ale v polovine 19. století zacíná obnovený vzestup mesta a první prumyslové podniky zahájily svou produkci. V roce 1835 zde byl uveden do provozu první parník a v roce 1860 bylo mesto napojeno na železnicní sít.  Míšen se vyvinula jako významné místo keramického prumyslu Saska a rozšírila se na mestkou oblast sloucením obcí na obou stranách Labe. Behem 2. svetové války zustala Míšen od težkého válecného nicení uchránena, avšak v letech 1949-1989 byl rozvoj mesta rízen v rámci ideologických a financních potreb NDR a na vnejších obvodech vznikly  nové bytové a prumyslové oblasti, což melo negativní dopad na historické jádro mesta.